A 3. évad váratlan területre sodorja a klón testvériséget azzal a felismeréssel, hogy nincsenek egyedül. Éppen akkor, amikor azt hitték, hogy ismerik ellenségeiket és szövetségeseiket, a 3. évadból kiderül, hogy klónjaink sebezhetőbbek, mint valaha. A magasan képzett, azonos férfi katonák több kérdést vetnek fel, mint válaszokat. Kik ezek az új klónok? Ki alkotta őket? És ami még fontosabb, miért léteznek? Sarah, Cosima, Alison és Helena erősebbek együtt, mint külön, de ez a szezon próbára teszi ezt a köteléket. Vajon az igazságuk felé kovácsolódnak, vagy azoknak a lábai elé fognak esni, akik megpróbálnak uralkodni rajtuk?