Lorsqu'un célèbre développeur de jeux-vidéos disparait, c'est à l'agence de Detective Mouri que l'on demande de mener l'enquête. Au cours de celle-ci, Conan découvre que cet homme avait des liens avec l'organisation des hommes en noir, et parvient à mettre la main sur des informations qui peuvent s'avérer capitales.