Als eine terroristische Bombe ein Gebäude in Dallas zerstört, werden die texanischen FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully in eine gefährliche Verschwörung hineingezogen, die alles übertrifft, was sie je erlebt haben. Mit der zweifelhaften Hilfe eines paranoiden Arztes riskieren Mulder und Scully ihre Karriere und ihr Leben, um einen tödlichen Virus aufzuspüren, der möglicherweise außerirdischen Ursprungs ist - und alles Leben auf der Erde vernichten könnte.