De stad Yūbari in de prefectuur Hokkaido is een spookstad geworden na de aanwezigheid van Shadow Moon en zijn volgelingen van Gorgom. Makino, een wetenschapper die aan Gorgoms uiterst geheime robotexperiment werkt, ontsnapt uit de kwaadaardige organisatie en keert terug naar Tokio, maar ontdekt dat zijn vrouw en dochter zijn ontvoerd. Als Kamen Rider Black reist Kotaro naar Yubari om Makino's familie te redden en de stad te bevrijden uit de kwade greep van Shadow Moon.